Sujet de stages/Positionnement automatique IRM
Intitulé et adresse du laboratoire d’accueil où aura lieu le stage
ICube-IPB, UMR CNRS 7357
Institut de Physique Biologique (dans l'enceinte des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg).
Hôpital Civil
1, place de l'Hôpital
67000 Strasbourg
Durée : 6 mois
Le stage se déroulera au sein de l'équipe IMIS - Laboratoire ICube - sur la plate-forme d’imagerie in vivo de l'Université de Strasbourg.
Nom, prénom et adresse email de l’encadrant
Paulo L. de Sousa : ploureiro@unistra.fr Vincent Noblet : vincent.noblet@unistra.fr
Titre :
Positionnement automatique de plans de coupe lors d’une acquisition par résonance magnétique (IRM) du cerveau de rat et de souris.
Description du stage :
Les protocoles d’imagerie cérébrale par IRM du petit animal (rat, souris) requièrent que les plans de coupe des acquisitions soient placés de façon standardisée et reproductible en terme de position et d’orientation, afin que les paramètres biologiques étudiés soient comparables d’un examen à l’autre.
Un protocole d’imagerie commence généralement par l’acquisition d’une image de repérage rapide, de faible résolution, indiquant la position de l’animal à l'intérieur de la machine. Ensuite, l’opérateur de l’IRM définit sur cette image, en se basant sur quelques repères anatomiques, la position et l’orientation des plans de coupe à acquérir. Cette procédure de positionnement manuel est assez longue et peut être sujette à erreur, en raison de la variation intra et inter-opérateur. Comme conséquence, les paramètres biologiques étudiés peuvent être sujets à une grande variation due à la non reproductibilité du positionnement des images. Une méthode de positionnement automatique des images, indépendante de l’opérateur, permettrait d’améliorer la reproductibilité des acquisitions et par conséquent la sensibilité des mesures.
Après une phase de revue de la littérature existante dans le domaine, l’étudiant(e) recruté(e) proposera et implantera sur un IRM 7 teslas (Bruker) un protocole permettant le positionnement automatique des plans de coupe lors d’une acquisition sur un cerveau de souris (in vitro et in vivo). Pour ce faire, il s’agira de :
- définir la séquence de repérage
- identifier automatiquement dans cette image la position et l’orientation des plans de coupe désirés
- en déduire les nouveaux paramètres d’acquisition à injecter dans la console IRM
La spécification par l’utilisateur des plans de coupe souhaités pourra se faire via différentes représentations standardisées du cerveau de souris, notamment l’atlas de Paxinos ou le Waxholm Space (WHM).
Présentation de la structure :
ICube : Le laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube) est une unité mixte de recherche (UMR7357) sous la co-tutelle de l’Université de Strasbourg, du CNRS, de l’ENGEES et de l’INSA de Strasbourg. Avec plus de 490 membres, ICube rassemble à parts égales deux communautés scientifiques à l’interface entre le monde numérique et le monde physique, lui donnant ainsi une configuration unique.
IMIS : L’équipe IMIS (Imagerie Multimodale Intégrative en Santé), avec 20 chercheurs, est la seule équipe du laboratoire ICube entièrement identifiée « santé ». Le projet fédérateur de l’équipe est d’apporter des réponses à des questions médicales en utilisant l’imagerie.
MIV : Les activités de l’équipe MIV (Modèle, Image et Vision) sont centrées sur l’analyse et le traitement des images avec différents domaines d’applications dont le traitement des images biomédicales.
PIIV : Situé à l’intérieur du site historique de l’Hôpital Civil, la plate-forme d’imagerie in vivo de l'Université de Strasbourg (PIIV) propose son expertise et ses ressources pour accompagner les chercheurs dans la mise en place de protocoles expérimentaux, l’acquisition des images et l’analyse des données. Cette plateforme concerne l'imagerie humaine in vivo et du petit-animal (pré-clinique) notamment dans le contexte des maladies du système nerveux.
Profil du candidat :
Ce travail requiert de la part du/de la candidat(e) des bases en programmation, interfaçage et notions d’IRM. Ce travail suppose un goût pour l’instrumentation et l’expérimentation pour des applications biomédicales. Quelques notions en traitement d'image seraient un atout.
Candidature :
Les candidatures sont à adresser à M. Paulo Loureiro de Sousa (ploureiro@unistra.fr) et devront comporter un CV détaillant le cursus et les résultats du Master I. Merci de nous contacter pour toute information complémentaire.