Sujet de stages/Mise en place d’un logiciel de reconstruction d’images IRM

Intitulé et adresse du laboratoire d’accueil où aura lieu le stage

ICube-IPB, UMR CNRS 7357, équipe IMIS, à l'Institut de Physique Biologique (dans l'enceinte des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg).
Adresse :
Institut Physique Biologique - ICube
4, rue Kirschleger
67085 Strasbourg Cedex

Nom, prénom et adresse email de l’encadrant

Paulo LOUREIRO de SOUSA

E-Mail : ploureiro@unistra.fr

Titre du stage

Mise en place d’un logiciel de reconstruction d’images IRM

Contexte

L'imagerie par résonance magnétique (IRM) est une technique fascinante pour imager le corps humain de façon non invasive. Mais les propriétés remarquables de l'IRM sont contrées par un certain nombre de limitations, dont la sensibilité au mouvement et la longue durée des examens. Ces dernières années, des grands progrès ont été faits pour résoudre ces problèmes, principalement par des nouvelles stratégies d’acquisition des données et par l'amélioration des algorithmes de reconstructions des images. Étant donné la complexité des nouveaux algorithmes de reconstruction, il peut être difficile, voire impossible, de mettre en œuvre les méthodes décrites dans les articles de recherche. Récemment, un logiciel open source, Gadgetron, a été proposé pour faciliter le développement et le partage des algorithmes de reconstructions des images IRM.

Description des activités

Le candidat aura pour mission de mettre en place Gadgetron et des nouveaux algorithmes de reconstruction d’images sur un serveur de calcul de la plateforme Imagines.

Localisation et encadrement

Le stage se déroulera au sein de la plateforme d’imagerie innovante en santé "Imagines" du laboratoire ICube (UMR CNRS 7357). Encadrant : Paulo L. de Sousa, co-encadrant Julien Lamy. La plateforme Imagines offre une expertise en imagerie clinique et préclinique (conseil, développement instrumental, développement de séquences, traitement des images) au service de projets translationnels depuis les sciences fondamentales jusqu’aux sciences biomédicales. La plateforme a développé une expertise scientifique dans le domaine de l'imagerie RMN et plus particulièrement dans le domaine des neurosciences, de la cognition et des pathologies cérébrales. Des applications sur d’autres organes sont également en cours de développement (muscle, tissus durs, etc.) et plus particulièrement en oncologie sur les modèles tumoraux chez le rongeur.

Profil du candidat

Le candidat devra être autonome sur les langages Python, C, C++, Matlab et les outils de développement associés. Il devra être à l’aise sur le système d’exploitation GNU/Linux. Des connaissances en imagerie IRM seront très appréciées.

Le poste est ouvert à partir du 1er Janvier 2017 pour une durée de 6 mois.
Envoyer un CV et une lettre de motivation à :
Paulo Loureiro de Sousa (Resp. Scientifique de la plateforme Imagines)
e-mail : ploureiro@unistra.fr
Tel : 03.68.85.40.76
Institut de Physique Biologique, Faculté de Médecine
4, rue Kirschleger
67085 STRASBOURG CEDEX