Sujet de stages/Metabolomique HRMAS 2014
Intitulé et adresse du laboratoire d’accueil où aura lieu le stage
Groupe Métabolomique Médicale, Equipe IMIS, Laboratoire ICube (UMR 7357)
Lieu de Stage : Service de Biophysique et Médecine Nucléaire, Hôpital de Hautepierre
Nom, prénom et adresse email de l’encadrant
NAMER Izzie Jacques : Izzie.Jacques.NAMER@chru-strasbourg.fr
MOUSSALLIEH François-Marie : François.Marie.Moussallieh@chru-strasbourg.fr
Titre du stage
Métabolomique par spectroscopie RMN HRMAS
Résumé du projet
Le métabolome est l’ensemble de petites molécules (métabolites : acides aminés, sucres, nucléotides, lipides…) intermédiaire ou issu du métabolisme cellulaire, de molécules bioactives et de toxiques inhalés ou ingérés provenant de l’environnement. La métabolomique a pour but d’identifier et de quantifier ces molécules. Globalement 2 approches sont utilisées : 1) Phénotypage métabolique à haut débit, pour identifier et quantifier le métabolome dans un milieu et dans certaines conditions ; 2) Biologie intégrative, pour corréler la métabolomique avec les données provenant de la génomique, la transcriptomique et la protéomique afin d’avoir une vision biologique globale d’un organisme dans son état physiologique et pathologique.
La diversité des métabolites ne permet pas de détecter et/ou de quantifier l’ensemble du métabolome en une fois avec une seule technique, un seul appareil. Nous travaillons avec un spectromètre RMN 500 MHz qui nous permet de détecter et de quantifier les métabolites les plus mobiles avec une grande fiabilité, qui informe sur la structure moléculaire et qui donne la possibilité de travailler sur du tissu intact (avec une sonde HRMAS). La recherche en métabolomique est en plein essor, même si le nombre de laboratoire impliqué dans ce domaine reste modeste et très rare dans le milieu hospitalier. L’ambition et l’originalité de notre approche est d’intégrer dans le milieu hospitalier (le spectromètre RMN est installé depuis 2008 à l’Hôpital de Hautepierre) les outils de la recherche en métabolomique autour des problématiques médicales notamment de la cancérologie (projets CARMeN et ExtempoRMN).
Références (4 exemples d’applications de l’équipe) :
- A Imperiale, FM Moussallieh, F Sebag, L Brunaud, A Barlier, P Bachellier, B Goichot, K Pacak, IJ Namer, D Taïb. A new specific succinate-glutamate metabolic hallmark in SDHx-related paragangliomas. PLoS One 8: e80539, 2013.
- FM Moussallieh, K Elbayed, JB Chanson, G Rudolf, M Piotto, J de Sèze, IJ Namer. Serum metabolomics for distinhuishing between neuromyelitis optica and multiple sclerosis. Multiple Sclerosis Journal 20: 558-565, 2014.
- M Diana, E Noll, P Diemunch, B Dallemagne, MA Benahmed, V Agnus, L Soler, B Barry, IJ Namer, N Demartines, AL Charles, B Geny, J Marescaux. Enhanced-reality video-fluorescence to assess the Intestinal viability. Annals of Surgery 259: 700-707, 2014.
- MA Benahmed, N Santelmo, K Elbayed, E Noll, N Frossard, M Canuet, P Diemunsch, M Piotto, G Massard, IJ Namer. The metabolomics by NMR HRMAS in the assessment of the quality of the graft after in situ cold preservation in non-heart-beating pig model of lung transplantation. Magnetic Resonance in Medicine 68: 1026-1038, 2012.